Pengundian ditangguhkan di provinsi Papua dan provinsi Aceh kerana dua provinsi itu tidak menerima kertas undi dan peralatan pengundian pada terikh yang ditetapkan. Selain itu, pengundian di seluruh negara dijalankan dengan lancar. Dijangka seramai 147 juta pengundi Indonesia telah membuang undi semalam. Untuk menjamin pengundian dijalankan dengan baik, kerajaan Indonesia telah menempatkan seramai 190 ribu anggota polis di setiap pusat pengundian demi meningkakan tahap keselamatan. Presiden Indonesia, Megawati, Timbalan Presiden, Hamzah Haz, Ketua Dewan Perwakilan Rakyat, Akbar Tanjung dan bekas Presiden, Soeharto telah membuang undi semalam. Kesatuan Eropah dan badan-badan lain juga menghantar pemerhati.

Oleh sebab jumlah undi yang sudah dikira belum sampai 1% kini, keputusan pilihan raya kali ini belum diketahui.

Dalam pilihan raya itu, seramai 7700 orang calon dari 24 parti akan bertanding 550 kerusi Dewan Perwakilan Rakyat Indonesia. Walaupun jumlah parti agak banyak, tetapi penganalisis berpendapat bahawa Parti Golkar yang diketuai oleh Ketua Dewan Perwakilan Rakyat, Akbar Tanjung dan Parti Demokrasi Indonesia Perjuangan yang diketuai oleh Megawati merupakan dua parti yang berpeluang untuk menang. Parti Demokrasi Indonesia Perjuangan merupakan parti terbesar dalam Dewan Perwakilan Rakyat Indonesia. Dalam pilihan raya yang diadakan pada tahun 1999, parti itu menewaskan Parti Golkar yang memerintah selama 30 tahun. Pada masa ini, parti itu memiliki 153 kerusi dalam Dewan Perwakilan Rakyat. Manakala Parti Golkar memiliki 120 kerusi. Ketua Umumnya Akbar Tanjung sewaktu membuang undi semalam menegaskan keazaman parti itu untuk memangkin pembaharuan dan membanteras rasuah. Menurut pungutan suara baru-baru ini bahawa kemungkinan Parti Golkar menang dalam pilihan raya kali ini lebih besar daripada Parti Demokrasi Indonesia Perjuangan. Tetapi pendapat umum Indonesia berpendapat bahawa parti yang memenangi pilihan raya kali ini sukar mendapat undi majoriti.

Penganalisis menyatakan, pilihan raya kali ini bukan sahaja bererti kemenangan sesebuah parti, tetapi juga akan memberi pengaruh langsung kepada pilihan raya Presiden Indonesia yang pertama diadakan secara langsung pada 5 Julai. Menurut Undang-undang Pemilihan Presiden negara itu, kalau sesebuah parti atau persekutuan parti memenangi 3% kerusi dalam Dewan Perwakilan Rakyat atau memenangi lebih 5% undi di seluruh negara, ia berkelayakan menyertai pilihan raya Presiden dan Timbalan Presiden. Oleh itu, keputusan pilihan raya kali ini berkaitan rapat dengan kelayakan pelbagai parti.

Selain memenangi undi dan melayakkan diri bertanding sebagai calon Presiden, pelbagai parti mahu menilaikan kedudukan mereka dan kemungkinan memenangi pilihan raya itu. Parti Demokrasi Indonesia Perjuangan sudah menetapkan Megawati sebagai calon Presiden dan beberapa parti yang lain juga akan menetapkan calon mereka berdasarkan keputusan pilihan raya kali ini.

Menurut pungutan suara terkini bahawa kadar sokongan Susilo Bambang Yudhoyono, bekas Menteri Politik, Sosial dan Keselamatan menduduki tempat terdepan. Ini merupakan tekanan yang besar bagi Megawati. Oleh yang demikian, Megawati dan Parti Demokrasi Indonesia Perjuangan yang diketuainya menghadapi pilihan raya kali ini sebagai satu cabaran besar. Tetapi pilihan raya Dewan Perwakilan Rakyat tersebut merupakan satu peluang bagi Parti Golkar dan parti yang lain.