Dalam tempoh lebih tiga tahun Arroyo menyandang jawatan Presiden, kerajaan Filipina telah mencapai kemajuan dalam pembangunan ekonomi, memangkin perdamaian antara kerajaan dengan kumpulan bersenjata antikerajaan dan memerangi aktiviti jenayah. Filipina telah mengatasi krisis politik dan ekonomi dan berjaya menyelesaikan rampasan kuasa dan ancamann serangan keganasan. Kebanyakan rakyat Filipina berpuas hati dengan pemerintahan Arroyo.

Walau bagaimanapun, penganalisis berpendapat bahawa Arroyo juga akan menghadapi banyak cabaran. Pertama ialah beliau mesti memangkin pembangunan ekonomi. Dalam suku tahun pertama tahun ini, ekonomi Filipina berkembang pesat tetapi kadar pengangguran tidak menurun akibat peningkatkan jumlah penduduk dan masalah kemiskinan Filipina semakin ketara. Menurut statistik bahawa sepertiga rakyat Filipina hidup di bawah garis kemiskinan antara lebih 80 juta orang negara itu. Unsur politik yang tidak menentu sebelum pilihan raya Presiden kali ini telah mempengaruhi pengurangan pelaburan asin. Kenaikan harga petroleum antarabangsa menyebabkan sara hidup di Filipina naik serta beban rakyatnya semakin berat. Arroyo mesti mengambil tindakan berkesan untuk menyelesaikan masalah tersebut.

Kedua, memelihara kestabilan situasi politik dan ketenteraman sosial juga merupakan cabaran besar. Arroyo telah memenangi pilihan raya Presiden kali ini. Tetapi dalam proses pengiraan undi, parti pembangkang menyatakan parti pemerintah melakukan penipuan dan banyak kali mengancam akan mengadakan tunjuk perasaan. Dengan keadaan itu, bagaimana menyelesaikan perselisihan dengan parti pembangkang dan menstabilkan ketenteraman awam amat penting. Selain itu, seramai lebih 100 orang terkorban dalam kejadian kekerasan yang berkaitan dengan pilihan raya dan beberapa ratus orang lain cedera. Bom juga ditemui di badan kerajaan dan tempat awam di Filipina, pihak polis Filipina telah menangkap beberapa orang pengganas. Semua ini telah memberi tekanan kepada Arroyo.

Ketiga, terus mendorong proses rundingan damai dengan kumpulan bersenjata antikerajaan dan mewujudkan perdamaian berkekalan di selatan Filipina juga merupakan cabaran Presiden Arroyo. Dalam tahun-tahun kebelakangan ini, kumpulan bersenjata antikerajaan seperti Abu Sayyaf, Barisan Pembebasan Islam Moro dan Tentera Rakyat Baru melakukan kekacauan di selatan Filipina dan telah mengancam kestabilan dan keselamatan tempatan. Kerajaan Filipina telah mengambil tindakan ketenteraan atau mengadakan rundingan dan telah mencapai kemajuan, tetapi ini tidak dapat membendung aktiviti kumpulan antikerajaan dengan sepenuhnya. Tentera Rakyat Baru menyerang balai polis baru-baru ini, rundingan damai antara kerajaan Filipina dengan Barisan Demokratik Nasional, kumpulan politik Tentera Rakyat Baru tidak mencapai kemajuan. Lantaran itu, memperbaiki masalah keselamatan di selatan Filipina merupakan masalah yang paling sukar bagi Arroyo.

Dan keempat, sistem perundangan yang kurang sempurna di Filipina menyebabkan gejala rasuah yang serius dan ini telah mempengaruhi pembangunan politik dan ekonomi Filipina. Arroyo menyeru pelbagai pihak dalam negeri bersatu padu, bersama-sama mewujudkan kemakmuran dan demokrasi negara. Sama ada beliau dapat mengambil tindakan berkesan untuk menyelesaikan masalah tersebut belum dapat dipastikan.