Bandar Altay terletak di bahagian tengah Eurasia yang jauh dari laut. Di selatan bandar itu, muka bumi lebih landai, dan berhampiran padang pasir Gurpantonggute menyebabkan cuacanya amat kering pada musim panas. Angin lebih kerap bertiup pada musim sejuk dan bunga.
Bandar Altay berjiran dengan Mongolia, Kazakhastan dan Rusia. Ia mempunyai empat pintu keluar masuk iaitu Hongshanzui, Takshken, Jimunai dan Aheitubaik. Keempat-empat pintu keluar masuk itu merupakan pusat perdagangan sempadan dan pertukaran kebudayaan.