Binay sedang menghadapi siasatan kes rasuah. Rakan sekutu Presiden Filipina, Benigno Aquino III telah menjalankan siasatan terhadap Binay, anak lelaki beliau serta rakan kongsinya sejak beberapa bulan yang lalu. Siasatan tersebut melibatkan penerimaan bayaran komisen, sumber harta tidak dikenali, penipuan membida dan pengubahan wang haram.
Sebelum ini, Binay pernah menunjukkan kesediaan untuk bertanding dalam pemilihan presiden pada tahun 2016. Namun, Aquino menyatakan bahawa Setiausaha Kerajaan Negeri dan Kerajaan Tempatan, Manuel Roxas, merupakan pengganti yang beliau gemari.