Jurucakap Kementerian Pertahanan Israel berkata, terowong yang dibina oleh Hamas itu terletak di bawah sebuah pos tentera dan talian paip gas asli.
Pengeboman dilakukan berhampiran Kerem Shalom, pintu keluar masuk di sempadan Israel dan Gaza.
Perdana Menteri Israel, Benjamin Netanyahu berkata terowong itu adalah infrastruktur penting bagi Hamas.
Terowong tersebut adalah yang ketiga dimusnahkan oleh tentera Israel dalam tempoh dua bulan terdekat ini.
Susulan itu, pintu keluar masuk Kerem Shalom ditutup.