Dalam karyanya Li Zhi dengan tegas menafikan wujudnya "orang suci" dan beranggapan bahawa "orang suci" tidak berbeza dengan orang biasa. Beliau menentang sistem pelantikan pegawai melalui peperiksaan kerajaan. Beliau juga membantah apa yang disanjung oleh falsafah Konfusius iaitu wanita yang tidak berkemahiran adalah yang baik dan kaum lelaki lebih bernilai daripada kaun wanita. Selain itu, beliau juga mencela fahaman moral tentang balu tidak dibenarkan berkahwin lagi. Demi mengkritik fahaman yang salah dari falsafah Konfusius, beliau bersunguh-sungguh menilai semula karya klasik falsafah Konfusius dan membuat pembelaan untuk tokoh yang dinafikan dalam sejarah. Misalnya, dalam karya beliau yang penting "Penilaian tentang Sejarah", Li Zhi memuji pemimpin tentera pemberontak petani Chen Sheng pada 200 tahun sebelum Masihi iaitu akhir zaman Dinasti Qin, ini merupakan kelakuan penderhakaan yang sama sekali tidak dapat dibenarkan oleh pihak penguasa.
Fahaman Li Zhi yang menentang ideologi ortodoks juga diperlihatkan dalam teorinya tentang kesenian. Pada masa itu, demi menyesuaikan diri dengan keperluan pemerintah, banyak pujangga mengadakan penggubahan kesusasteraan hanya mencontohi gaya dan pendirian tokoh-tokoh ternama falsafah Konfusius pada pelbagai dinasti yang lalu tetapi tidak menggambarkan realiti masyarakat yang benar. Li Zhi telah mengeluarkan secara terbuka sanjungan kepada "batin kanak-kanak", "batin kanak-kanak" disifatkan oleh Li Zhi sebagai batin semula jadi dari kanak-kanak. Beliau beranggapan bahawa sasterawan seharusnya menulis perasaannya sebenar, karya sastera yang ditulis dengan hanya mencontohi gaya penulisan tokoh-tokoh pada zaman yang lalu bukan karya sastera yang baik. Ini merupakan kritikan langsung terhadap falsafah Konfusius yang dianggap sebagai ideologi ortodoks pada zaman itu.
Li Zhi juga mencabarkan tradisi falsafah Konfusius tentang kaum lelaki tidak boleh bergaulan dengan kaum wanita. Beliau memberi pengajaran kepada murid perempuan dan sentiasa mengadakan penyelidikan bersama-sama dengan intelektual perempuan yang juga mempunyai fikiran bebas, beliau juga memuji intelektual perempuan tersebut dalam karyanya. Akhirnya beliau dipenjarakan dengan tuduhan "bergaulan dengan wanita".
