Struktur Pagoda Kayu Kaunti Ying merupakan struktur pagoda tradisional zaman Dinasti Han hingga Dinasti Tang China, iaitu pada tahun 206 sebelum Masihi hingga tahun 907 Masihi. Reka bentuknya amat saintifik dan binaannya rapi. Pagoda kayu ini berbentuk 8 segi. Jika dilihat dari luar, pagoda itu kelihatan 5 tingkat, tetapi struktur dalam pagoda ini ialah 9 tingkat. Setiap tingkat ditongkat oleh 32 batang tiang besar yang terbahagi dalam 2 lingkaran, 24 batang daripadanya berdiri di lingkaran luar, manakala 8 batang lagi tegak di lingkaran dalam. Antara tiang-tiang besar tersebut terdapat banyak palang kayu kecil yang menongkat dan menampan tiang-tiang besar tersebut secara condong. Di setiap tingkat terdapat batang kayu besar yang dibuat seperti lingkaran berbentuk 8 segi ,yang menyambungkan tiang-tiang besar dan kayu penopang yang condong itu. Bumbung pagoda kayu ini juga berbentuk 8 segi, manakala mercunya terdiri daripada beberapa lingkaran besi bulat yang saling terlipat. Terdapat pola api, pasu dan mutiara yang dibuat dengan besi sebagai lambang keagungan agama Buddha untuk disembah oleh penganut agama ini.