Struktur bangunan Pagoda Kayu Kaunti Ying ini telah menambah kekukuhan pagoda kayu ini. Dalam masa selama lebih 900 tahun semenjak pagoda ini dibina, berapa kali gempa bumi telah berlaku di kawasan tersebut. Menurut catatan sejarah, pada masa kira-kira 300 tahun selepas pagoda kayu ini dibina, gempa bumi berukuran 6.5 skala Richter telah berlaku di situ. Gempa bumi itu berlaku berterusan selama 7 hari. Rumah dan bangunan lain di sekitar Pagoda Kayu Kaunti Ying semuanya runtuh, hanya pagoda kayu ini sahaja yang masih berdiri tegak. Dalam beberapa tahun kebelakangan ini, gempa bumi yang berlaku berkali-kali di kawasan Shanxi telah melibatkan kawasan Pagoda Kayu Kaunti Ying ini. Walaupun pagoda kayu ini bergoncang dalam kejadian gempa bumi itu dan semua loceng yang digantung pada pinggir atapnya berbunyi, namun, pagoda kayu ini tidak rosak. Dalam perang saudara pada zaman dekat, iaitu dari tahun 1840 hingga tahun 1919, pagoda kayu ini juga terkena lebih 200 das bedilan meriam, tetapi strukturnya tetap tidak terjejas. Kesemua ini membuktikan bahawa struktur pagoda kayu ini amat kukuh dan cara ia dibina amat sempurna, sehingga ia terselamat dalam gempa bumi dan peperangan.

Dalam sejarah China, banyak bangunan purba yang tinggi telah musnah disebabkan panahan petir. Arkitek dan tukang bina Pagoda Kayu Kaunti Ying dengan bijak telah menyelesaikan masalah itu. Lambang agama Buddha yang dibuat dengan besi yang dipasang di mercu pagoda kayu ini yang tingginya 14 meter itu bersambung dengan sebatang dawai besar yang tersalut dalam tiang kayu. Hujung dawai itu ditanam dalam tanah. Selain itu, di luar pagoda kayu ini, digantung 8 untai rantai besi. Dengan peralatan tersebut, Pagoda Kayu Kaunti Ying ini terselamat daripada panahan petir sejak sekian lama.